ويعتبر مكتب المدعي العام العسكري السلطة القضائية الأكبر والتابعة لوزارة الدفاع  وهذا المكتب بالعادة مكون من محامين عموميين ورؤساء نيابة ووكلاء نيابة ومساعدين ومعاونين جميعهم يمارسون وظائف تتعلق بتحريك وإصدار الدعاوى القضائية الخاصة بالعسكريين والنظام العسكري في ليبيا.

وتختص بما يلي:

• إصدار التعليمات المالية للوحدات بتحديد أسلوب وشروط الدفع وأيــة توجيهات مالية تلتزم بإتباعها.
• إعداد الميزانية وتقديراتها وإحالتها لرئاسة الأركان العامة ووزارة الدفاع.
• إعداد المرتبات.
• إعداد جدول زمني لمناقشة الوحدات المالية التابعة لها.
• إعداد التقارير الدورية عن سير العمل بالإدارة.
• أداء أية أعمال أخرى مماثلة.

من مهامه القيام بتدريب وتطوير العناصر الطبية والطبية المساعدة ودعم كافة المستشفيات والمراكز والسرايا الطبية التابعة له وتزويدها بكل ما يلزم من خدمات طبية.

تشكيل لجان علاج بالخارج لعلاج الحالات المرضية والإصابات الناتجة أثناء الاشتباكات المسلحة والأزمات الطارئة لمنتسبي الجيش والمدنيين المتضررين من الاشتباكات المسلحة.التعاون بين الجهاز ووزارة الصحة في المجال الطبي والعلاج وتدريب العناصر الطبية المساعدة والإداريين.

ويختص بتنفيذ برامج التصنيع العسكري وتطويرها وصيانة منظومات الصواريخ والمقذوفات ومعداتها الأرضية وتصنيع المواد الكيميائية الخاصة بالمحروقات والمقذوفات والقنابل الجوية بمختلف أنواعها مع مراعاة الاتفاقيات الدولية.

• صيانة وعمرة وتصنيع وتطوير الطائرات ومعداتها الأرضية.
• صيانة وعمرة وتصنيع قطع الغيار اللازمة للمعدات والأسلحة المتوسطة والثقيلة.
• دراسة العروض المقدمة بشأن المصانع ذات الطابع العسكري وتنفيذ المشروعات المتعلقة بالصناعات التي تعهد الجهاز بتنفيذها.
•  توريد الآلات والمعدات والتجهيزات والمواد الخام ومستلزمات الإنتاج اللازمة للتشغيل.

يهدف الجهاز إلى بناء قاعدة بحثية في مجال التقنيات الدفاعية قادرة على مواكبة التطور التقني في تطوير السياسات والبرامج الدفاعية للدولة واستقطاب ورعاية الكوادر البحثية الوطنية ونقل التقنيات العسكرية المتطورة وتوطينها بالتعاون مع المؤسسات البحثية الوطنية والأجنبية المناظرة ويضم الجهاز أربعة مراكز بحثية هي:

1. مركز بحوث الطيران والفضاء.
2. مركز البحوث الإلكترونية.
3. مركز البحوث الكيميائية والتجارب.
4. مركز النظم الميكانيكية.

•  حماية أمن الجيش الليبي والتصدي للاختراقات من قبل العدو و مقاومة التجسس والتخريب ونشر الوعي الأمني داخل وحدات الجيش.
• إبداء الرأي والمساعدة لأمري المناطق العسكرية فيما يتعلق بشؤون الأمن.
• نشر الوعي الأمني داخل وحدات الجيش الليبي.
•  إعداد ملفات منتسبي وحدات الجيش الوطني من ضباط وطلبة ومراتب وخبراء، وتدوين كل ما يرد من معلومات أمنية وضبطية بشأنهم.
•  إعداد التدابير اللازمة والإشراف على تنفيذ الإجراءات الأمنية (الوثائق – المنشآت – المواصلات التحركات الأسلحة أثناء العمليات).
•  جمع وتصنيف ومعالجة وتحليل المعلومات الاستخباراتية على المستويين الداخلي والخارجي.

أنشئت الهيئة العامة للقضاء العسكري بموجب قرار القائد الأعلى للقوات المسلحة رقم (16) لسنة 2000م بموجب المادة الأولى من قانون الإجراءات الجنائية رقم (1) لسنة 1999م ونظمت بموجب قرار امين اللجنة العامة المؤقتة للدفاع (سابقاً) رقم (15) لسنة 2000م.

وتتكون الهيئة العامة من شعب وإدارات ومكاتب كالتالي:

1. شعبة التنظيم والإدارة.
2. شعبة المالية.
3. إدارة التسويات التقاعدية.
4. إدارة البحوث والدراسات القانونية.
5. إدارة النيابات والمحاكم.
6. إدارة التفتيش القضائي والإداري.
7. المكتب القانوني.

ويختص المفتش العام بما يلي:

• التفتيش على أداء وزارة الدفاع والجهات التابعة لها.
• التفتيش على الجهات المختصة بوزارة الدفاع في المجالات المالية.
• التأكد من تنفيذ التشريعات المتعلقة بالمستويات الوظيفية والقيادية.
• القيام بمتابعة التعليمات الصادرة من الوزير ورئاسة الأركان العامة ومدى التقيد بتنفيذها.
• التفتيش الدوري على مخازن ومستودعات الوزارة والجهات التابعة لها.
• التأكد من توفر الشروط في المعسكرات والمقرات الإدارية التابعة للوزارة ومدى ملائمتها لأداء العمل.
• التفتيش على القيافة العسكرية ومدى التقيد بالأوامر الصادرة بهذا الخصوص.
• التفتيش على السجلات والتقارير الخاصة بالوزارة.
• إعداد التقارير الدورية والسنوية عن التفتيش وتقديمها إلى الوزير.

ظهار قوة الدولة واستقلاليتها والتعبير عن اعتزازها بسيادتها وکرامتها والمحافظة على قيمها وتقاليدها وإبراز الوجه الإنساني لها.

التواصل بين الجهات الرسمية الحكومية وبين السلكين الدبلوماسي والقنصلي.

تنظيم مراسم استقبال وتوديع كبار الشخصيات في زياراتهم ورحلاتهم الداخلية والخارجية والإشراف والتنسيق على تنظيم مواعيد المقابلات الرسمية وحضور المناسبات العامة والخاصة لكبار الشخصيات المهمة.

إدارة المشتريات العسكرية مختصة بتلبية احتياجات جميع وحدات الجيش الليبي من معدات وأجهزة وقطع الغيار ومهمات حسب المواصفات المطلوبة والمعتمدة من قبل الإدارات المساندة (المستفيدة) من قبل المصادر المناسبة على أن تقوم الإدارات المساندة (المستفيدة) بإعداد احتياجاتها السنوية وتقدير تكلفتها المالية المبدئية من خلال الميزانية التقديرية الاسترشادية.

كما يظهر دور إدارة المشتريات العسكرية كإحدى إدارات الرقابة والمتابعة وليست إدارة تنفيذية فقط.

يهدف المركز إلى تنفيذ أعمال الصيانة والخدمات والبنية التحتية وعلى وجه الخصوص ما يلي:

• تقديم الخدمات التموينية لمنتسبي وزارة الدفاع والوحدات التابعة لها والجهات العامة والخاصة حسب إمكانيات المركز وفقاً للوائح الخاصة بالتعاقد.ذ
• تقديم الخدمات المتعلقة بمهام النقل وخدمات المناولة للوحدات التنظيمية والإنتاجية بالوزارة.
•  تنفيذ أعمال الصيانة والعمرة في مختلف المجالات.
• اقتراح وإنشاء الورش ووحدات الصيانة المختلفة وتأثيث وتجهيز المرافق التابعة للوزارة.
• – تقديم مقترحات لأجل استثمار جزء من الأموال المخصصة له في مشاريع استثمارية ذات مردود مادي.

تأسس مركز ليبيا بقرار من وزارة الدفاع رقم (89) لسنة 2013م وهو مؤسسة “بحثية علمية” تختص بالقضايا المحلية والإقليمية والدولية في المجال الأمني والعسكري والسياسي والاقتصادي والاجتماعي والثقافي وما يرتبط بالأمن القومي بصفة عامة، حيث تأسس المركز بقرار من وزارة الدفاع رقم (89) لسنة 2013. يسعى للمساهمة في نشر الوعي بأهمية البحث العلمي وتطويره واستثماره في التنمية، وتوجيه المشورة العلمية لمتخذي وصانعي القرار في الدولة.

• الإشراف على سير عمل الوحدات الإنتاجية أو المصانع التابعة لوزارة الدفاع بما يكفل تحقيق مستهدفات الخطة الإنتاجية وجودة الإنتاج.
• متابعة تنفيذ معدلات الإنتاج السنوية والوصول بها إلى الطاقة القصوى.
• وضع الخطط والبرامج اللازمة لتنمية القدرات الفنية للعاملين بالوحدات الإنتاجية أو المصانع، والعمل على الرفع من كفايتهم، وإعداد البرامج لتدريبهم وتأهيلهم فنياً ومهنياً.
•  العمل على إدخال النظم الإنتاجية الحديثة بالوحدات والمصانع التابعة لها للرفع من الكفاية الإنتاجية.
•  وضع الخطط والبرامج اللازمة لتحسين مستويات الإنتاج.
• العمل على توفير احتياجات الوحدات الإنتاجية والمصانع مـن الآلات والأجهزة والمعدات والمواد الخام اللازمة للإنتاج وضبط الجودة.
• إعداد التقارير الدورية عن سير العمل والعاملين وجودة الإنتاج بالوحدات والمصانع التابعة لها، وإحالتها إلى الجهات المختصة بالوزارة.
• المشاركة في الاجتماعات الدورية والمؤتمرات والندوات التي تعقد حول الإنتاج وتحسين الإنتاجية وضبط الجودة.
• متابعة جودة الإنتاج بالوحدات الإنتاجية والمصانع وإعداد التقارير اللازمة لذلك.
• اختيار العناصر الفنية اللازمة للمصانع والمراكز الإنتاجية الأخرى التابعة للوزارة.
• إعداد تقارير دورية عن سير العمل بالإدارة.
• القيام بأية أعمال أخرى تكلف بها في مجال اختصاصها.

تأسس المركز الليبي للأعمال المتعلقة بالألغام ومخلفات الحروب، شهر مايو 11 في جبل نفوسة من قبل مجموعة من الثوار . 

ركز المركز عمله على تطهير المناطق المحررة من الألغام الأرضية ومخلفات الحرب وفي شهر ديسمبر عام 2011 ، قام السيد وزير الدفاع أسامة الجويلي بإصدار القرار رقم (1) لسنة 2011 بشأن إنشاء المركز الليبي للأعمال المتعلقة بالألغام ومخلفات الحروب.

هو مؤسسة علمية وطنية تضم كوادر من المهندسين والمختصين في مجالات الهندسة الألكترونية والميكانيكية وهندسة الطيران، وكان هدف تأسيسه سنة 2010م لتصميم وإنتاج منظومة أستطلاع جوي لطائرة بدون طيار للإستفادة منها في العديد من التطبيقات الأمنية مثل مراقبة الحدود والسواحل والمنشأت الحيوية والأستراتيجية بالإضافة إلى الأستطلاع الجوي العسكري والمساهمة في عمليات التصنيع والصيانة للهياكل المصنعة من الألياف المركبة والتي تدخل في الصناعات الجوية.